1月
7日 馬英九在出席臺(tái)灣日本人會(huì)及臺(tái)北市日本工商會(huì)“2009年新年聯(lián)誼酒會(huì)”時(shí)稱，今年是臺(tái)灣和日本的“特別伙伴關(guān)系促進(jìn)年”，強(qiáng)調(diào)在其任內(nèi)會(huì)好好發(fā)展臺(tái)日關(guān)系，建立互信。
8日 臺(tái)灣“陸委會(huì)副主委”趙建民在記者會(huì)上表示，由于索馬里亞亞丁灣海盜猖獗，臺(tái)灣正在評(píng)估由海軍派出軍艦，保護(hù)臺(tái)灣商船的航行安全。
13日 “美國(guó)在臺(tái)協(xié)會(huì)”表示任何船只遇險(xiǎn)要求協(xié)助美國(guó)海軍皆有責(zé)任提供協(xié)助。
13日 世界衛(wèi)生組織干事長(zhǎng)辦公室通知臺(tái)灣疾管局，將臺(tái)灣納入世界衛(wèi)生條例當(dāng)中，臺(tái)灣可以直接與世界衛(wèi)生組織聯(lián)系。
14日 臺(tái)灣“監(jiān)察院”調(diào)查“巴布亞新幾內(nèi)亞建交案”發(fā)現(xiàn)，前“國(guó)安會(huì)秘書長(zhǎng)”邱義仁、前“外交部長(zhǎng)”黃志芳兩人“怠忽職守”，導(dǎo)致近3000萬美元公款遭侵吞，故分別通過彈劾兩人案。
同日，臺(tái)灣特偵組就“侵占機(jī)密外交款案”將前“外交部政務(wù)次長(zhǎng)”高英茂改列圖利被告，并限制出境。
17日 美國(guó)貿(mào)易代表署宣布將臺(tái)灣自特別301觀察名單除名，對(duì)此“美臺(tái)商會(huì)”表示歡迎，認(rèn)為臺(tái)灣在改善知識(shí)財(cái)產(chǎn)權(quán)上的進(jìn)展，是一項(xiàng)“臺(tái)灣能真正感到驕傲的成就紀(jì)錄”。
2月
4日 臺(tái)灣“外交部發(fā)言人”陳銘政表示，岡比亞、斯威士蘭等非洲4個(gè)“邦交國(guó)”計(jì)劃邀請(qǐng)馬英九訪問，“外交部”將進(jìn)行評(píng)估。
同日 日本外務(wù)大臣麻生太郎稱，臺(tái)灣今天擁有較高教育水平，得益于日本的殖民統(tǒng)治。
5日 中國(guó)外交部發(fā)言人孔泉說，1894年甲午戰(zhàn)爭(zhēng)后，日本強(qiáng)行侵占臺(tái)灣，使臺(tái)灣島內(nèi)民眾飽受奴役，給中華民族帶來了深重災(zāi)難，這是世人皆知的事實(shí)。日本對(duì)臺(tái)灣長(zhǎng)達(dá)半個(gè)世紀(jì)的殖民統(tǒng)治，是日本軍國(guó)主義侵華歷史的黑暗一頁。作為加害國(guó)外交當(dāng)局的最高負(fù)責(zé)人發(fā)表上述言論，是對(duì)歷史的歪曲，也是對(duì)中國(guó)人民感情的嚴(yán)重傷害。
6日 馬英九出席2009觀光節(jié)慶祝大會(huì)時(shí)表示，簡(jiǎn)化簽證程序，是吸引觀光客最重要的原因，目前臺(tái)灣正與美方積極洽商互免簽證計(jì)畫，希望拓展雙方觀光，同時(shí)他個(gè)人也多次利用接見歐盟國(guó)家代表機(jī)會(huì)，向?qū)Ψ奖磉_(dá)互免簽證吸引觀光客的想法。
6日 臺(tái)灣“行政院長(zhǎng)”劉兆玄在聽取“體委會(huì)”與臺(tái)北、高雄市簡(jiǎn)報(bào)“聽障奧運(yùn)會(huì)”與“世界運(yùn)動(dòng)會(huì)”籌辦情況后，指示各“部會(huì)”全力配合，要求“外交部”突破邀訪外賓的人數(shù)限制，并加強(qiáng)國(guó)際宣傳，“向全世界展現(xiàn)臺(tái)灣打拚精神”。
17日 馬英九表示，日本給臺(tái)灣民眾免簽證待遇后，帶動(dòng)雙方觀光人次增加，希望美國(guó)也能給予臺(tái)灣民眾免簽證待遇。
23日17位美國(guó)眾議員連署提案，重申“信守《與臺(tái)灣關(guān)系法》作為美國(guó)對(duì)臺(tái)灣關(guān)系的基石”，“支持臺(tái)灣民主體制”。對(duì)此，臺(tái)灣“駐美代表處”表達(dá)“感激與歡迎”。
26日 中斷超過3年半的臺(tái)、日第16次漁業(yè)會(huì)談在臺(tái)北舉行，臺(tái)灣希望這次會(huì)談能擱置釣魚島主權(quán)問題，雙方獲得“共同管理爭(zhēng)議海域”、“解決漁業(yè)糾紛”的共識(shí)。
同日 日本外務(wù)大臣麻生太郎在眾議院預(yù)算委員的一次會(huì)議上宣稱，將與美國(guó)協(xié)商把釣魚島納入“日美安保條約”保護(hù)范圍。中國(guó)外交部發(fā)言人馬朝旭即表示，中方對(duì)此強(qiáng)烈不滿，已向日方提出嚴(yán)正交涉。
27日 對(duì)于麻生太郎的說法，臺(tái)灣“外交部”予以駁斥，重申“中華民國(guó)政府”擁有釣魚臺(tái)“主權(quán)”。
3月
3日 英國(guó)自即日起給予臺(tái)灣民眾6個(gè)月赴英國(guó)免簽證待遇，而臺(tái)灣自1993年起就開放英國(guó)國(guó)民來赴臺(tái)免簽證30天。
5-10日 臺(tái)灣“外交部長(zhǎng)”歐鴻煉出訪巴拉圭和多米尼加。
16-18日 “美國(guó)在臺(tái)協(xié)會(huì)理事主席”薄瑞光（Raymond F. Burghardt）訪問臺(tái)灣，會(huì)見臺(tái)灣政商界人士。18日，在拜會(huì)馬英九和蔡英文等朝野領(lǐng)袖時(shí)，對(duì)目前臺(tái)美關(guān)系給了“極好”評(píng)價(jià)，并強(qiáng)調(diào)兩岸穩(wěn)定與對(duì)話的重要性。
20日 馬英九與媒體茶敘時(shí)表示，“追求雙重承認(rèn)不切實(shí)際、也不是我的目標(biāo)”，“政府推動(dòng)參與世衛(wèi)組織若涉主權(quán)爭(zhēng)議，解決方案就是‘九二共識(shí)’”。
23日 臺(tái)灣“調(diào)查局臺(tái)北市調(diào)處”前往臺(tái)北看守所，就“侵占機(jī)密外交款案”訊問陳水扁。
25日 美國(guó)國(guó)防部提出中國(guó)軍力報(bào)告，指中國(guó)軍隊(duì)仍以臺(tái)灣為假想敵，部署導(dǎo)彈逾1050枚，逾三分之一重兵部署于臺(tái)海。
31日 臺(tái)灣“立法院”審查通過了《經(jīng)濟(jì)社會(huì)與文化權(quán)利國(guó)際公約》及《公民政治權(quán)利國(guó)際公約》兩項(xiàng)國(guó)際公約。
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