盡管民進黨、臺聯黨及“獨派”本土社團意見分歧，但因“大綠”、“小綠”反對馬當局“傾中”目標一致，兩黨整合后推出了彼此可以接受的“ECFA公投連署案”版本并將提交民進黨中常會討論通過。相較于民進黨與臺聯黨的化解歧見，民進黨內部的“中國路線”之爭卻暗潮洶涌。
臺灣《聯合報》9日社論指出，陳菊登陸，形同民進黨務實改革派已與基本教義派公然攤牌；“獨派”豈會不知大船正在轉彎，卻佯裝渾然未覺，一語不發。原因是“獨派”本居少數，若是撕破臉，只會自暴其弱、自暴其短，因而在這個關鍵時刻，連色厲內荏都做不到，遂是一片噤聲不語。
綠營內部此次務實改革派與基本教義派的斗爭不同以往：一、過去許信良及施明德或林義雄與民進黨的斗爭，皆尚只是在理念或風格的層次；但蔡英文卻讓陳菊一腳踏進北京、上海，已是具體行動。二、過去幾場斗爭，皆以許信良、施明德或林義雄被逐出或自動退出民進黨收場，但此次蔡英文不會輕言認輸退場，當然“獨派”也不會與民進黨切割退出。所以，這才是一場真正的“內斗”；關起門來無人退場，暗中蓄勢互比氣長。
社論因此認為，陳菊登陸，從外觀看，似乎打開了民進黨與臺灣主流社會及與大陸的機會之窗；但從民進黨內部來看，卻像是在屋里打開了潘多拉魔盒，再將門窗緊閉。民進黨經2008年的慘敗，必須“去扁化獨”；這應是蔡英文的自我期許，也是民進黨的唯一生路。從目前的效應來看，民進黨權力核心對陳菊登陸的大船轉彎汽笛聲似乎相當接受；因此，蔡英文并未如當初許信良、施明德那般陷于孤立之中。但是對“獨派”及陳水扁來說，這汽笛聲卻不啻是政治喪鐘。
衡情論理，這是民進黨切割分裂的時機。但是，“獨派”驅逐不了蔡英文，蔡英文也趕不走“獨派”。從正面看，民進黨仍然“團結”（這也是陳水扁的期望）；但從負面看，這卻是必將“內傷”深重的“內斗”，繼續“分而不裂”。
在這樣的“分而不裂”情況下，民進黨與臺聯黨近日在“兩岸經濟合作架構協議（ECFA）公投連署案”方面化解歧見達成了基本共識，但另一方面，民進黨內部的“中國路線”之爭卻暗潮洶涌。
香港中評社9日分析指出，民進黨扁系中常委高志鵬已聲言要在中常會提案進行“中國政策”辯論，并展開合縱連橫尋求支持。最為尷尬的莫過于同屬正義連線的臺南市長許添財，羅文嘉等人力勸許添財勿在此敏感時機登陸，但許添財始終對是否取消訪問廈門未松口。陳水扁系的人馬一方面要求民進黨內同志不要掉入大陸的“統戰陷井”，卻無法勸說或約束自己的派系成員。
文章指出，民進黨人士對“黨公職訪問中國注意事項”看法歧異已經到了一人一把號的地步，每個人都很堅持，但是否上綱到“中國政策”與路線的分歧則有待商榷；整體而言，民進黨的內部爭議比黨際（臺聯黨）更難溝通，說明民進黨家里的經真不是普通人所能念的。
