ECFA既是兩岸經貿交流發展的必然結果，也是兩年來兩岸關系和平發展取得的重大成果，顯示兩岸和平發展正在向深層次延伸和兩岸 互信進一步加強，標志著兩岸經濟合作和交流從此進入常態化、機制化發展的新階段。ECFA早期清單的落實和后續問題的解決，成為增加兩岸共同利益，累積兩岸政治互信，推進兩岸大交流大合作大發展，協商兩岸文化教育協議，提供了必要的基礎和典范。ECFA作為兩岸關系發展史上的里程碑，對維護與推動兩岸關系和平發展具有深遠的歷史意義和重大的現實意義。

    馬英九早在競選2008年臺灣地區領導人的過程中，就提出簽署兩岸經濟合作協議的設想，就職后多次提出希望與大陸簽署兩岸“綜合性經濟合作協議”（Comprehensive Economic Cooperation Agreement，CECA）。CECA的提出得到了大陸的積極響應，“六點意見”指出，我們期待實現兩岸經濟關系正常化，推動經濟合作制度化；兩岸可以為此簽定綜合性經濟合作協議，建立具有兩岸特色的經濟合作機制；以最大限度實現優勢互補、互惠互利。

    自2009年初起，兩岸就“綜合性經濟合作協議”開始具體準備時，臺灣內部對此出現嚴重對立，泛綠陣營全力抵制。為了減少阻力，爭取最大民意的支持，國民黨方面將協議名稱定調為“經濟合作架構協議” (Economic Cooperation Framework Agreement，ECFA)。從2010年1月起，海協會和海基會連續舉行五次“《海峽兩岸經濟合作架構（框架）協議(ECFA)》專家工作商談”，形成由“序言、正文和附件”組成的“一個文本”、“貨品貿易早收計劃和服務業早收計劃”的“兩個清單”、“關于貨品貿易早收計劃的臨時原產地規則、關于服務業早收計劃的服務提供者定義、爭端解決機制”的“三個附件”等《兩岸經濟合作架構協議》（臺灣方面的名稱為《兩岸經濟合作框架協議》）的基本文件，6月29日在重慶舉行的兩會第五次工作商談時正式簽署，并且同意共組兩岸經濟合作委員會負責后續磋商。