馬英九任期剩下不到一年，“大選”前突換“國安局長”，被島內媒體認為很不尋常。《聯合晚報》22日稱，李翔宙今年5月進行例行性體檢時被診斷出患有口腔癌三期，但治療狀況良好，從外表上看沒什么不同，他無論在局里辦公還是開會均正常，吃飯時間甚至正常到餐廳用餐。《自由時報》稱，李翔宙也向馬英九報告了病情，當時馬覺得病情可控制，希望他留下來，李翔宙自己也想留。關鍵轉折出現在7月初，當時“國安會秘書長”高華柱前往“國安局”，以維安勤務繁重、體恤李翔宙身體健康為由，“要求”李遞出辭呈。李無法違逆上級的“好意”，因此遞出辭呈。至于接任他的楊國強，《自由時報》22日稱，此人離開軍職7年還能出任“國安局長”，“與高華柱力薦有關”。楊一直是高華柱親信。

　　《中國時報》稱，這次人事異動由高華柱主導，“此舉意味著高華柱正式成為馬總統任內最后十個月的情報頭子”。文章說，臺軍方與情治單位本來是高華柱、李翔宙與“國防部長”三足鼎立，每人都能直通馬英九，如今高華柱成功換掉李翔宙，算是在軍情單位攻下一城。新人選楊國強一年內不易完全掌握狀況，“情治單位將以高華柱馬首是瞻”。

　　除了“國安”內斗外，還有媒體猜測，李翔宙去職是因為沒有掌握民進黨主席蔡英文的訪美行程。

　　對此，蔡英文回應稱，“選舉期間，國安局跟情治系統的責任是保衛國家，不是政治偵防”。國民黨“立委”吳育升22日透露，他曾打了幾個電話給李翔宙，對方不接也不回，后來才知道他患了癌，“健康有了狀況請辭換人，有什么不對”，民進黨是抹黑栽贓。有“國安”人士稱，高華柱此時采取斷然作為，一則是體恤，二則是從專業考慮，無關權斗。《中國時報》22日還稱，高華柱擔任“國防部長”期間也曾患癌，再加上前“國安會秘書長”金溥聰因心臟鈣化去職，“國安團隊健康狀況頻出，是否操勞過度引起熱議”。