大陸21日全面啟用2015年版臺灣居民來往大陸通行證(簡稱卡式或電子臺胞證)，引發臺灣方面對于矮化及泄露個人資料的疑慮。對此，大陸國臺辦發言人馬曉光21日說，發行卡式臺胞證是為“進一步便利兩岸同胞往來”，但作為出入境證件的功能沒有改變。

　　據臺灣經濟日報網報道，陸委會21日發表聲明稱，大陸單方面做法欠缺良好溝通，不尊重臺灣，已多次表達不滿。“行政院長”毛治國稱，陸方的處理非常不妥當，臺灣非常不滿，將繼續要求臺胞證只能有舊式臺胞證內容，也只能作為旅行證件之用。臺灣《自由時報》21日回顧稱，今年6月間，大陸宣布7月起臺胞證免簽，同時“適時”實施卡式臺胞證，“完全狀況外的馬政府，當時由陸委會出面說還需要看其形式、內容與功能，是否符合尊嚴與尊重”。7月1日，大陸宣布在福建試辦卡式臺胞證，“馬政府依然被蒙在鼓里”。當時陸委會尷尬地表示，大陸應事先商量。9月15日，大陸公安部公告，21日起全面啟用卡式臺胞證;縣級以上公安機關出入境管理部門當天起開始受理電子臺胞證申請，并停止簽發現行紙本臺胞證。

　　民進黨“立委”莊瑞雄稱，大陸啟用卡式臺胞證，心態上就是把臺灣歸類為“中國人民”，用臺胞證達到一個中國的目的。“臺聯黨立委”賴振昌稱，卡式臺胞證類似香港、澳門民眾使用的返鄉證，矮化“臺灣主權”，“形同內國化”。他同時擔憂，由于卡式臺胞證內嵌安全智能芯片，臺灣人的資訊安全恐出現漏洞，面臨前所未有的風險。

　　國民黨“總統”參選人洪秀柱21日稱，這是陸方單方面認為對臺灣的便民措施，臺灣民眾還是有些疑慮，“我們要求陸委會一定要跟陸方溝通清楚，解除大家疑慮之后再公布實施比較好”。親民黨主席宋楚瑜稱，此事充分顯示馬當局對兩岸問題的處理失去主動性，既不能協商于前，又無法善了于后。國民黨“立委”林郁方認為，臺灣是民主社會，人民享受便民措施，不等于支持兩岸統一，“不需要太多憂慮”。 國民黨“立委”李貴敏還說，各地對于如何出入境都由自己規定，例如美國明確規定拿到簽證的方式，不會咨詢其他地區怎么做，“縱使兩岸關系敏感，但基于國際慣例，他國無權干涉”。

　　有島內輿論擔憂，大陸以后會強推類似政策。《自由時報》21日稱，大陸沒把陸委會放在眼里，兩岸協商機制逐漸失靈。政治大學國關中心主任丁樹范稱，卡式臺胞證嵌入芯片，定位個人行蹤、監控能力更強，“不僅隱私權喪失，國安危機更大”。他認為，包括卡式臺胞證、劃設M503新航路等事例，凸顯大陸的“老大態度”，“對臺政策有‘不管臺灣，先做再說’的味道，逼臺灣到時候認賬”。

　　對于上述疑慮，馬曉光21日說，卡式臺胞證是對目前5年有效紙質臺胞證的“電子化改版”，而“臺灣居民來往大陸通行證”這一證件名稱沒有改變，出入境證件的功能沒有改變，有效期仍是5年。島內民眾大多對卡式臺胞證持正面評價，稱贊大陸“心懷仁愛”。而針對一些人士擔心被“矮化”，上海臺灣研究所常務副所長倪永杰表示，這低估了臺灣民眾的智慧，不應該用“臺獨”立場看卡式臺胞證。他說，申領臺胞證無論是紙本的，還是卡式的，都要填一些基本信息，卡式證件并不會錄有更多信息。紙本臺胞證在信息識別方面不太方便，卡式臺胞證可以給臺灣民眾在大陸生活提供更多方便，比如辦理銀行業務、就醫、購買火車票及辦理登機牌時，卡式證件機讀起來更方便，也便于攜帶，不易遺失和毀壞，符合新的技術要求及規范。