內蒙古自治區境內共有大小河流千余條,祖國的第二大河--黃河,由寧夏石咀山附近進入內蒙古，由南向北，圍繞鄂爾多斯高原，形成一個馬蹄形。其中流域面積在1000平方公里以上的河流有107條；流域面積大于300平方公里的有258條。有近千個大小湖泊。全區地表水資源為406.60億立方米，除黃河過境水外,境內自產水源為371億立方米，占全國總水量的1.67％。地下水資源為139.35億立方米，占全國地下水資源的2.9％。扣除重復水量，全區水資源總量為545.95億立方米。年人均占有水量2 370立方米，耕地每公頃平均占有水量l萬立方米，平均產水模數為4.4l萬立方米／平方公里。內蒙古水資源在地區、時程的分布上很不均勻，且與人口和耕地分布不相適應。東部地區黑龍江流域土地面積占全區的27％，耕地面積占全區的20％，人口占全區的18％，而水資源總量占全區的65％，人均占有水量8 420立方米，為全區均值的3.6倍。中西部地區的西遼河、海灤河、黃河 3個流域總面積占全區的26％，耕地占全區的30％，人口占全區的66％，但水資源僅占全區25％，其中除黃河沿岸可利用部分過境水外，大部分地區水資源緊缺。
地表水 內蒙古自治區平均地表年徑流量約291億立方米，占河川徑流總量的78％；多年平均徑流量為80億立方米，占河川徑流總量的22％。由于河川徑流受大氣降水及下墊面因素的影響，年徑流量地區分布不均，水資源也不平衡，局部地區水量富而有余，而大部分地區干旱缺水。同時，河川徑流年內分布不均，年際間變化比較大。年降水集中在6～8月，汛期徑流量占全區徑流量的60～80% 。歷年間徑流量大小不勻，相差很大。年徑流量最大與最小的比值，東部林區各河流為4～12；中部各河流為6～22；西部地區各河流高達26以上。此外，從區外流入自治區境內的河川徑流量有330.6億立方米，其中黃河入境的平均年徑流量315億立方米，額濟納河8.4 億立方米。
地下水 內蒙古自治區地下水平均資源量為254億立方米。山丘區地下水平均年資源量為113億立方米，占全區地下水資源量44％。其中河川徑流量為80億立方米，占山丘區地下水資源量的7l％。平原區地下水平；均年資源量為172億立方米,扣除與山丘區地下水資源量的重復計算后,占全區地下水資源量的56％。自治區地下水資源的分布受大氣降水、下墊面條件和人類活動的影響，具有平原多、山丘區少和內陸河流域更少的特點。自治區平原區扣除與山丘區地下水資源量間的重復計算后的地下水資源模數，一般在5.9～6.5萬立方米／平方公里，為山丘區地下水平均水資源模數的2.2～2.7倍。內陸河流域地下水資源模數為1.1萬立方米／平方公里，因而地下水資源十分貧乏，只是在內陸閉合盆地的平原或溝谷洼地，地下水才比較富集。全區按自然條件和水系的不同，分為：大興安嶺西麓黑龍江水系地區；呼倫貝爾高平原內陸水系地區；大興安嶺東麓山地丘陵嫩江水系地區；西遼河平原遼河水系地區；陰山北麓內蒙古高平原內陸水系地區；陰山山地、海河、灤河水系地區；陰山南麓河套平原黃河水系地區；鄂爾多斯高平原水系地區；西部荒漠內陸水系地區。
