中國人民政治協商會議第三屆全國委員會第一次全體會議于1959年4月17日至4月29日在北京召開，委員總數共1071人。根椐會議通過的議程，全體政協委員從這次會議起，列席全國人民代表大會，聽取政府工作報告和其他報告。會議期間，李維漢副主席作了政協第二屆全國委員會常務委員會工作報告。會議閉幕式上，班禪額爾德尼委員就西藏問題發了言。

　　會議通過了政治決議，一致擁護第二屆全國人大第一次會議上周恩來總理的政府工作報告、李富春副總理關于1959年國民經濟計劃草案的報告、李先念副總理關于1958年國家決算和1959年國家預算草案的報告。會議一致同意第二屆全國人民代表大會第一次會議所通過的關于西藏問題的決議，指出原西藏地方政府和上層反動集團同帝國主義者和外國干涉者勾結起來，背叛祖國，發動了殘害西藏人民的武裝叛亂，這是全國人民不能容許的，是國法不能容許的。西藏問題是中國的內政問題，決不容許外國人干涉。會議還一致熱烈祝賀中央人民政府平定西藏反動集團叛亂的勝利。

　　會議還通過了《關于常務委員會工作報告的決議》、《關于提案審查的決議》。

　　會議推舉毛澤東主席為中國人民政治協商會議第三屆全國委員會名譽主席，選舉周恩來為中國人民政治協商會議第三屆全國委員會主席，彭真等14人為副主席。

　　全國政協三屆二次會議

　　中國人民政治協商會議第三屆全國委員會第二次全體會議于1960年3月29日至4月11日在北京召開。出席開幕式的委員共有851人。全國政協主席周恩來主持了會議的開幕式和閉幕式。政協副主席陳叔通作了政協第三屆全國委員會第一次會議以來常務委員會的工作報告。會議聽取了提案委員會關于提案的審查報告。政協委員們還列席了第二屆全國人大二次會議，聽取和討論了《關于1960年國民經濟計劃草案的報告》、《關于1959年國家決算和1960年國家預算草案的報告》《關于為爭取提前實現全國農業發展綱要(修正草案)而斗爭報告》，以及周恩來總理關于國際形勢和我國對外關系的講話，并表示支持政府的外交政策。

　　會議通過的決議號召全國人民為執行第二屆全國人民代表大會第二次會議的決議，為完成和超額完成1960年的國民經濟計劃、為爭取提前實現全國農業發展綱要而奮斗。會議還通過了《關于提案審查報告的決議》。

　　會議補選何香凝為政協第三屆全國委員會副主席。

　　全國政協三屆三次會議

　　中國人民政治協商會議第三屆全國委員會第三次全體會議于1962年3月23日至4月18日在北京召開。出席會議的政協委員有897人，政協主席周恩來主持了會議的開幕式和致會議的閉幕詞。政協副主席陳叔通在會上作了政協全國委員會常務委員會的工作報告；全體政協委員還列席并聽取討論了周恩來總理在第二屆全國人大第三次會議上所作的關于國內外形勢和政策的政府工作報告。

　　會議通過決議，同意政協副主席陳叔通關于常委會的工作報告，擁護周恩來總理的政府工作報告，指出，政協要進一步加強團結，加強工作，為實現周恩來總理在政府工作報告中提出的1962年國民經濟調整工作的十項任務而努力。會議還通過了《關于提案審查的決議》。

　　全國政協三屆四次會議

　　中國人民政治協商會議第三屆全國委員會第四次全體會議于1963年11月17日至12月4日在北京召開。出席本次會議的政協委員共有833人。全國政協主席周恩來主持了會議的開幕式和閉幕式。會議聽取了政協副主席陳叔通作的政協第三屆全國委員會常務委員會的工作報告。全體委員還列席了第二屆全國人民代表大會第四次會議，先后聽取了國務院副總理兼國家計劃委員會主任李富春代表國務院作的《關于1963年國民經濟計劃執行情況和1964年國民經濟計劃草案的報告》，國務院副總理兼財政部長李先念代表國務院作的《關于1963年國家預算草案和預算執行情況、1964年國家預算初步安排的報告》及周恩來總理關于當前國內外形勢和任務的講話。

　　會議通過了政協全國委員會陳叔通副主席作的政協全國委員會常務委員會工作報告，并一致同意報告中所提出的政協今后應當在中國共產黨領導下，進一步加強人民民主統一戰線的團結的6項任務，并為之而努力。

　　會議還通過了政協第三屆全國委員會第四次會議決議，要求各界人士積極投入到社會主義教育運動中。

　　會議決定，中國人民政治協商會議第三屆全國委員會的任期延至1964年9月，并且責成政協全國委員會常務委員會負責進行關于召開第四屆全國委員會的籌備工作。